Regionlarla iş şöbəsi Dövlət Komitəsinin regional bölmələri ilə yerli dövlət qurumları, bələdiyyələr və vətəndaş cəmiyyəti institutlarının qarşılıqlı fəaliyyətini təmin edir. Şöbə respublika ərazisində mövcud olan ibadət evlərinin və dini qurumların məlumat bankını yaradır və onların statistikasını aparır. Şöbə regional bölmələrin fəaliyyətini təhlil edir və onların fəaliyyətinin təkmilləşdirilməsi məqsədilə təkliflər hazırlayır. Ayrıca, şöbə əməkdaşlarının peşəkarlıq səviyyəsinin yüksəldilməsi üçün təlimlər təşkil edir. Dini qurumların maliyyə hesabatlılığını təmin edir və dini ayinlərin icrası ilə bağlı müvafiq işləri təşkil edir. Şöbə ziyarətgahlara təşkil edilən turların fəaliyyətini nəzarətdə saxlayır və dini təyinatlı materialların satışına nəzarət edir. Şöbə Komitə rəhbərliyi tərəfindən verilən digər tapşırıqları yerinə yetirir və mövcud müraciətlərə qanunvericilikdə nəzərdə tutulmuş qaydada baxılmasını təşkil edir.