Çanaqçı kəndindəki digər alban kilsəsi kəndin mərkəzində yerləşir. Bu tarixi-memarlıq abidəsi Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət Nazirliyi tərəfindən ölkə əhəmiyyətli abidə kimi qeydiyyata alınmışdır. Kilsənin XII əsrə aid olduğu müəyyən edilmişdir.

IX əsrdən etibarən Ərəb xilafətinin zəifləməsilə dağılmış və zədələnmiş erkən orta əsr kilsələrinin bərpası və genişləndirilməsi ilə yanaşı yeni, daha tutumlu kilsə tikintisinə də başlanmıışdı. Bu dövrdə xristianlığın geniş yayılması ilə məbədlərin tutumunun artırılmasına da ehtiyac yarandığı üçün Qafqaz Albaniyası ərazilərində xristian albanlar Çanaqçı kəndindəki kilsə kimi yeni tipli dini binalar tikmişlər.

Çanaqçı kəndindəki Tanrı anası kilsəsi düzbucaqlı formaya malik üçnefli bazilikadır. Qafqaz Albaniyası ərazisində bu cür məbədlərin inşası uzun müddət davam etmiş, üç nefli bazilikalar günbəzli məbədlərlə yanaşı son orta əsrlərə kimi varlığını davam etdirmişdir.

Kilsədə qədim əlyazmalar, perqamentlərdə yazılmış İncil nüsxələri, dəyərli relikviyalar və 1600-cü illərə aid zəngin bədii ornamentli xaçdaşlar mövcud olmuşdur. Kilsədə XIX əsrədək qorunub saxlanılmış İncilin xatirə yazılarında Alban patriarxı Petrosun (1653-1675) dini fəaliyyət illəri haqda məlumat verilirdi.

Mənbələrdən məlum olur ki, Alban kilsələrindəki İncil nüsxələri Qarabağın yalnız bəzi bölgələrində, ayrı -ayrı kilsələrdə tək-tük qalmışdır. Alban katolikosluğunun fəaliyyəti haqda qiymətli məlumatlar verən Alban

İncillərindəki xatirə qeydləri sayəsində XVI-XVIII əsrlərdə Alban Apostol kilsəsinin başında duran alban katolikoslarının fəaliyyətləri və adları haqda məlumat almaq mümkündür.

XIX əsrdə içərisində xatirə qeydləri yazılmış Alban İncili nüsxəsinin qaldığı belə nadir kilsələrdən biri də Çanaqçı kilsəsi idi. Kilsədəki İncilin ilk və son səhifələrində qeyd edilmiş xatirə yazılarında Alban patriarxı Petrosun (1653-1675) dini fəaliyyət illəri haqda məlumat olmuşdur. Göründüyü kimi, alban İncilləri yalnız dini rituallar üçün deyil, həm də Alban din xadimləri tərəfindən tərtib edilən bir növ tarixi salnamə kimi də istifadə olunurdu. Bu xatirə qeydləri alban xristian əhalinin hansı yaşayış məntəqələrində və necə yaşadığı haqqında, onların siyasi və iqtisadi vəziyyəti, Alban yeparxiyası haqqında məlumat verən qiymətli qaynaq idi.

Alban İncillərindəki xatirə yazıları sayəsində alban katolikoslarının fəaliyyətinin XVIII əsrə qədər davam etdiyini izləmək mümkün idi. Ona görə də XIX əsrdə erməni kilsəsi səylə üzərində xatirə yazıları olan bütün Alban İncillərini məhv etməkdə idi. Çox təəsüf ki, XIX əsrədək Çanaqçı kilsəsində qorunub saxlanılan bu nüsxə də məhv edilmişdir.