Komitənin aşağıdakı vəzifələri vardır:

- dini etiqad azadlığının həyata keçirilməsi üçün müvafiq şəraitin yaradılması;

- dini etiqad azadlığı ilə bağlı qanunvericilik aktlarına riayət olunmasına nəzarətin təmin edilməsi;

- dini qurumların qanunvericiliklə nəzərdə tutulmuş qaydada dövlət qeydiyyatının həyata keçirilməsi, dini qurumların dövlət reyestrinin aparılması, dini qurumların dövlət qeydiyyatı haqqında məlumatların mediada dərc edilməsi, dini qurumların təşkilati işlərinin qanunauyğun qurulmasına köməklik göstərilməsi;

- dini qurumların xahişi əsasında dövlət orqanları ilə razılaşmalar əldə edilməsində və dövlət orqanları tərəfindən həlli tələb olunan məsələlərdə dini qurumlara lazımi yardım göstərilməsi;

- müxtəlif dini etiqadların dini qurumları arasında qarşılıqlı hörmət, anlaşma və dözümlülük mühitinin möhkəmlənməsinə kömək edilməsi, dini radikalizmin və ekstremizmin, dini zəmində qarşıdurma və ayrı-seçkilik hallarının, digər mənfi təzahürlərin qarşısının alınması;

- dini mərkəzlərdən, dini idarələrdən, digər dini qurumlardan məlumatlar almaqla ümumi məlumat bankının yaradılması;

- dini təşkilatların beynəlxalq dini hərəkat, forum, beynəlxalq dini mərkəzlərlə və xarici dini qurumlarla işgüzar əlaqələrdə iştirakına kömək edilməsi;

- dini təyinatlı ədəbiyyatın (kağız və elektron daşıyıcılarında), audio və video materialların, mal və məmulatların və dini məzmunlu başqa məlumat materiallarının dinşünaslıq ekspertizasının aparılmasının təmin edilməsi;

- icra hakimiyyəti orqanlarının dini işlərlə bağlı fəaliyyətinin əlaqələndirilməsi və bu fəaliyyətə nəzarətin həyata keçirilməsi. Rayon və şəhər icra hakimiyyətləri yanında yaradılmış dini məsələlər üzrə komissiyaların işinin təşkilinə kömək göstərilməsi;

- ölkədəki dini durum haqqında Azərbaycan Respublikasının Prezidentinə ildə iki dəfə hesabatların təqdim edilməsi;

- qanunda göstərilən əsaslar olduqda dini qurumun ləğv olunması barədə məhkəməyə müraciət edilməsi;

- dini qurumlara münasibətdə cinayət yolu ilə əldə edilmiş əmlakın leqallaşdırılmasına və terrorçuluğun maliyyələşdirilməsinə qarşı, o cümlədən hədəfli maliyyə sanksiyalarının tətbiqi ilə bağlı qanunla nəzərdə tutulmuş qaydada və hallarda nəzarət orqanının funksiyalarının həyata keçirilməsi;

- qanunvericiliklə nəzərdə tutulmuş müvafiq inzibati xətalar haqqında işlərə baxılması;

- “Dini etiqad azadlığı haqqında” Azərbaycan Respublikası Qanununun 24-cü maddəsinin ikinci hissəsinə uyğun olaraq, dini mərkəz tərəfindən vətəndaşların təhsil almaq üçün xarici ölkələrin dini tədris müəssisələrinə göndərilməsinə, dini tədris müəssisələri tələbələrinin və müəllimlərinin, habelə din xadimlərinin və mütəxəssislərinin mübadiləsinə razılıq verilməsi;

- dini təyinatlı ədəbiyyatın (kağız və elektron daşıyıcılarında), audio və video materialların, mal və məmulatların və dini məzmunlu başqa məlumat materiallarının istehsalına, idxalına və yayılmasına nəzarət edilməsi, o cümlədən “Lisenziyalar və icazələr haqqında” və “Dini etiqad azadlığı haqqında” Azərbaycan Respublikasının qanunlarına uyğun olaraq dini təyinatlı ədəbiyyatın (kağız və elektron daşıyıcılarında), audio və video materialların, mal və məmulatların və dini məzmunlu başqa məlumat materiallarının istehsalına, idxalına, ixracına və yayılmasına, habelə onların satışı üçün ixtisaslaşdırılmış satış məntəqələrinin yaradılmasına razılıq verilməsi;

- dini ibadət yerlərinin tikintisinin və yenidən qurulmasının məqsədəuyğunluğu barədə rəy verilməsi;

- dini qurumların fəaliyyəti ilə bağlı mübahisəli məsələlərin həllində dövlət adından iştirak edilməsi;

- dini təhsil müəssisələrinin fəaliyyətinə lisenziyanın verilməsi üçün rəy verilməsi, Azərbaycan Respublikasının Elm və Təhsil Nazirliyi ilə birlikdə dini təhsil müəssisələrinin proqramlarının təhlil edilməsi, tədris plan və proqramlarının təsdiq edilməsi, dini tədrisin keyfiyyətinin müəyyən edilməsi üçün rəy verilməsi;

- nəzarət markası ilə markalanmış dini təyinatlı ədəbiyyatın (kağız və elektron daşıyıcılarında), audio və video materialların, mal və məmulatların və dini məzmunlu başqa məlumat materiallarının satışı üzrə ixtisaslaşdırılmış satış məntəqələrində yoxlamalar aparılması, həmin məntəqələrin fəaliyyətində qanun pozuntusu aşkarlandığı təqdirdə, fəaliyyəti dayandırma, məsuliyyətə cəlb etmə ilə bağlı tədbirlərin həyata keçirilməsi;

- qanunazidd fəaliyyət göstərən dini qurumların məsuliyyətə cəlb edilməsi üçün tədbirlər (dini fəaliyyətin dayandırılması, dövlət orqanlarına müraciət edilməsi) görülməsi, ayrı-ayrı şəxslər tərəfindən yaradılan və tarixi-ənənəvi kökü olmayan ibadət və ziyarət yerlərinin fəaliyyəti barədə müvafiq dövlət orqanları qarşısında məsələ qaldırılması;

- dini qurumların fəaliyyət qaydasının pozulması, əcnəbilər və vətəndaşlığı olmayan şəxslər (dini mərkəz tərəfindən dəvət edilmiş din xadimləri istisna olmaqla) tərəfindən dini təbliğatın aparılması, dini ayinlərin icrasına maneçilik törədilməsi, dini ayinlərin icrası adı altında vətəndaşların hüquqlarına qəsd edilməsi barədə məlumatın tədbir görülməsi üçün hüquq mühafizə orqanlarına göndərilməsi və öz nəzarətində saxlanılması;

- dini təhsil müəssisələrinin fəaliyyətində aşkarlanmış qanun pozuntuları barədə müvafiq dövlət orqanlarına məlumat verilməsi;

- dini təhsil müəssisələri istisna olmaqla, mülkiyyət formasından asılı olmayaraq bütün təhsil müəssisələrində dinşünaslıq, din tarixi, dini-idraki, dini-fəlsəfi fənlər və müqəddəs dini kitabların əsasları üzrə tədris proqramlarının, tədris vəsaitlərinin hazırlanmasında iştirak edilməsi və təsdiqinə razılıq verilməsi;

- dini mətbu nəşrlərin təsis edilməsi barədə müraciətlərə dair rəy verilməsi;

- İslam dininə mənsub din xadimlərinin attestasiyasında iştirak edilməsi;

- ibadət yerlərinə din xadimlərinin, o cümlədən yeni din xadimlərinin təyin olunması barədə dini mərkəz və ya idarə qarşısında məsələ qaldırılması;

- nizamnaməsində dini dəyərlərin təbliği ilə bağlı fəaliyyət istiqamətləri olan qeyri-kommersiya hüquqi şəxslərinin dövlət qeydiyyatına alınması üçün rəy verilməsi;

- İslam dininə aid ayin və mərasimləri aparan şəxslər barədə rəy verilməsi;

- qəbiristanların salınmasının məqsədəuyğunluğu barədə rəy verilməsi;

- dini sahəyə ayrılan büdcə vəsaitləri, kreditlər, qrantlar və digər maliyyə vəsaitlərindən təyinatı üzrə səmərəli istifadə olunmasının təmin edilməsi;

- Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin müraciəti əsasında xaricdə dini təhsil almış Azərbaycan Respublikası vətəndaşlarının islam dininə aid ayin və mərasimlərin aparılmasına buraxılması üçün razılıq verilməsi;

- xaricdəki müqəddəs yerlərə ziyarətin təşkilində, bu məsələlərlə bağlı dövlətlərarası razılaşmaların əldə olunmasında iştirak edilməsi;

- dini maarifçilik işinin genişləndirilməsi, dini qarşıdurmanın qarşısını almaq məqsədilə media subyektləri ilə iş sahəsində fəaliyyət göstərən müvafiq qurumlarla birgə tədbirlərin həyata keçirilməsi;

- müqəddəs kitabları öyrənmə kurslarının fəaliyyətinə nəzarətin həyata keçirilməsi, “Dini etiqad azadlığı haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanununa uyğun fəaliyyət göstərməyən müqəddəs kitabları öyrənmə kurslarının fəaliyyətinin dayandırılması və bu barədə müvafiq dini mərkəzə (idarəyə) məlumat verilməsi;

- öz fəaliyyəti haqqında əhalinin məlumatlandırılmasının, internet saytının yaradılmasının, malik olduğu və siyahısı qanunvericiliklə müəyyən edilmiş açıqlanmalı olan ictimai informasiyanın həmin saytda yerləşdirilməsinin və bu informasiyanın daimi yeniləşdirilməsinin təmin edilməsi;

- din sahəsində mütəxəssislərin hazırlanması və ixtisaslarının artırılması üçün tədbirlər görülməsi ixtisasartırma kurslarının təşkili;

- Komitənin fəaliyyəti ilə bağlı daxil olan ərizə və şikayətlərə baxılması və qanunvericiliklə müəyyən edilmiş qaydada tədbirlər görülməsi;

- Komitənin strukturunun və fəaliyyətinin təkmilləşdirilməsi istiqamətində öz səlahiyyətləri daxilində tədbirlər görülməsi;

- fəaliyyət istiqamətlərinə uyğun olaraq qanunvericiliklə nəzərdə tutulmuş digər vəzifələrin yerinə yetirilməsi.