Komitənin öz vəzifələrini həyata keçirmək üçün aşağıdakı hüquqları vardır:

- dövlət-din münasibətlərinə, din haqqında qanunvericiliyin təkmilləşdirilməsinə dair təkliflərlə Azərbaycan Respublikasının Prezidentinə, Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabinetinə müraciət etmək;

- dinşünaslıq ekspertizasının aparılmasının təmin edilməsi məqsədi ilə dini qurumların nümayəndələrini və müvafiq mütəxəssisləri cəlb etmək;

- səlahiyyətlərinə aid edilmiş məsələlərin işlənib hazırlanması və yerinə yetirilməsi üçün qanunvericiliklə müəyyən edilmiş qaydada ekspert və məsləhətçiləri cəlb etmək, onlarla müqavilələr (kontraktlar) bağlamaq;

- qanunvericiliklə müəyyən edilmiş qaydada dövlət mətbuat orqanı təsis etmək, xüsusi bülletenlər və digər nəşrlər buraxmaq;

- səlahiyyətləri çərçivəsində və Komitənin qarşısında duran vəzifələri həyata keçirmək məqsədilə müvafiq strukturlar təsis etmək;

- Azərbaycan Respublikasında fəaliyyət göstərən dini təhsil müəssisələrinin fəaliyyəti barədə tabe olduqları dini mərkəz və idarələrdən, habelə bilavasitə dini təhsil müəssisələrindən məlumatlar və hesabatlar almaq, dini təhsil müəssisələrində dini təhsillə bağlı yoxlamalar aparmaq;

- dini təfriqə, məzhəb ayrı-seçkiliyi, milli təhlükəsizliyə, zidd dini-siyasi təxribatlar və digər qeyri-qanuni dini fəaliyyətlə bağlı hərəkətlər və hallar barədə Azərbaycan Respublikasının Prezidentinə və Nazirlər Kabinetinə mütəmadi olaraq məlumat vermək, bu barədə əlaqədar dövlət orqanları qarşısında məsələ qaldırmaq;

- dini qurumların, eyni zamanda ayrı-ayrı şəxslərin dini etiqad azadlığı ilə bağlı qanunvericiliyə zidd hərəkətləri barədə onların təmsil olunduqları dini mərkəz və idarə qarşısında məsələ qaldırmaq;

- Azərbaycan Respublikasının dini etiqad azadlığı ilə bağlı qanunvericilik aktlarının tələblərinə riayət olunmasını təmin etmək məqsədilə əsas olduğu təqdirdə qanunla nəzərdə tutulmuş qaydada dini qurumların fəaliyyətinə müdaxilə etmək və onlardan dini fəaliyyətə dair və maliyyə hesabatları tələb etmək;

- nəzarət markası ilə markalanmış dini təyinatlı ədəbiyyatın (kağız və elektron daşıyıcılarında), audio və video materialların, mal və məlumatların və dini məzmunlu başqa məlumat materiallarının satışı üzrə ixtisaslaşdırılmış satış məntəqələrinin fəaliyyəti barədə məlumatlar almaq;

- dini təhsil müəssisələrinə tələbə qəbulu məqsədi ilə yaradılmış dini komissiyaların fəaliyyətində iştirak etmək;

- vaxtilə müsadirə olunmuş və başqa məqsədlər üçün istifadə edilən dini obyektlərin dini icmalara qaytarılması barədə qanuna müvafiq şəkildə aidiyyatı olan təşkilatlar qarşısında məsələ qaldırmaq;

- öz səlahiyyətləri daxilində dövlət və yerli özünüidarəetmə orqanlarına, fiziki və hüquqi şəxslərə zəruri məlumatlar (sənədlər) barədə sorğu vermək və onlardan belə məlumatları (sənədləri) almaq;

- dini qurumların fəaliyyəti ilə bağlı mübahisəli məsələlərin qanun çərçivəsində tənzimlənməsində iştirak etmək, yaranmış problemlərin həlli barədə müvafiq dövlət orqanları qarşısında vəsatət qaldırmaq;

- dini ayinlərin icrası ilə əlaqədar vətəndaşların və dini qurumların hüquqlarının qorunması məsələsinin dövlət orqanları tərəfindən müzakirə olunmasında iştirak etmək;

- səlahiyyətlərinə aid məsələlər üzrə metodik və təlimat xarakterli göstərişlər, məsləhət və izahlar vermək;

- İslam dini icmalarının Azərbaycan Respublikasının ərazisində, qeyri-islam dini icmalarının Azərbaycan Respublikasının ərazisində və Azərbaycan Respublikasının hüdudlarından kənarda fəaliyyət göstərən dini mərkəzlərindən (idarələrindən) dövlət qeydiyyatı və digər məsələlərlə bağlı müvafiq sənədləri tələb etmək;

- fəaliyyət istiqamətlərinə uyğun rəy vermək, təhlillər və ümumiləşdirmələr aparmaq, analitik materiallar hazırlamaq, təkliflər vermək;

- dini qurumlardan, o cümlədən onların tabe olduğu dini mərkəzlərdən (idarələrdən) öz fəaliyyət istiqamətlərinə uyğun məlumatlar və hesabatlar almaq;

- dini maarifləndirmə işi aparmaq, dövlət-din münasibətləri və bu sahədə digər məsələlər barədə əhalini məlumatlandırmaq məqsədilə qanunvericiliyə uyğun olaraq mediadanteleviziya və radio yayımı kanallarından, digər kütləvi informasiya vasitələrindən istifadə etmək; 

- qanunvericiliklə müəyyən edilmiş qaydada müvafiq beynəlxalq təşkilatlarla, xarici dövlətlərin aidiyyəti dövlət orqanları ilə əməkdaşlıq etmək;

- dövlət-din münasibətlərinin tənzimlənməsi və müvafiq qanunvericiliyin icrasına nəzarətin həyata keçirilməsi ilə bağlı vaxtaşırı müşavirələr keçirmək;

- müvafiq beynəlxalq tədbirlərdə müəyyən edilmiş qaydada iştirak etmək və öz səlahiyyətləri çərçivəsində Azərbaycan Respublikasını təmsil etmək;

- yerlərdə dini durumu öyrənmək üçün yerli icra hakimiyyəti orqanları ilə mütəmadi əlaqələr saxlamaq;

- İslam dininə aid ibadət yerlərinin rəhbərliyinə təyin edilən din xadimləri barədə Qafqaz Müsəlmanları İdarəsindən məlumat almaq;

- dövlət-din münasibətləri sahəsində məqsədli proqramlar hazırlamaq və həyata keçirmək;

- qanunvericiliklə müəyyən edilmiş digər hüquqları həyata keçirmək.