Beşikdağ kilsəsi V-VII əsrlərə aid edilən alban bazilikasıdır. Bu qədim alban məbədi ilə bağlı Makar Barxudaryan yazır ki, kilsə Arşakilər sülaləsindən olan Qafqaz Albaniyası hökmdarı II Vaçe tərəfindən inşa edilmişdir. Barxudaryan II Vaçenin zamanında kilsənin yerində elə Beşikdağ hündürlüyündə xaç formalı monastırın olduğunu və onun Vəngəsər adlandığını yazırdı. Müəllif kilsənin adının həm də Beşikdağ adlanması ilə bağlı əfsanədən də bəhs edir. Xalq arasında gəzən rəvayətlərə görə, dağın başındakı qədim monastırda sonsuz bir qadın dua edərək övlad sahibi ola bilmişdi. Əfsanəyə görə, qadın doğulan körpəsini ərəb istilaçılarından qorumaq üçün monastıra sığınaraq körpəsini buradakı daş beşikdə böyütmüşdü. Xalq arasındakı inanca gorə, o zamandan bu dağ Beşikdağ adlanmağa başlamışdı. Barxudaryanın veriyi məlumata görə, dağın və buradakı monastırın Beşikdağ adlanması bu qədim rəvayətdən qaynaqlanır.

Buna görə də, əsrlərdən bəri Beşikdağ xalq arasında, xüsusilə də sönsuzluğa qarşı, pir kimi ziyarət edilən məbəd olmuşdur. Bu qədim məbədə gələn sonsuz qadınlar Beşikdağdan övlad diləyərmişlər. Xalq arasında gəzən əfsanəyə görə, bu dağı və buradakı körpələri ilanlar qoruyardı. Yampolski Beşikdağ ərazisində həqiqətən cox ilan olduğunu yazır. İlk dəfə Yampolski Beşikdağ monastırını erkən orta əsrlərə aid digər alban kilsələri ilə müqayisə edərək onun alban kilsəsi olduğu qənaətinə gəlmişdir. XX əsrin 60-cı illərində Beşikdağ abidəsi Azərbaycan arxeoloqları tərəfindən də tədqiq edilmişdir.

Beşikdağ abidəsi VIII-X əsr alban memarlığındakı dini tikililər üçün səciyyəvi olan formada inşa edilmiş günbəzli kilsə olub, erkən orta əsrlərə aid edilir. Kiçik ölçülərinə baxmayaraq monastır hündür divarlara malikdir. Onun divarları yonulmuş boz əhəng daşlarından hörülmüşdür.

Beşikdağ abidəsi memarlıq baxımından Gədəbəy kilsəsi kimi xaç-günbəz formalı plana malikdir. Xaçın dörd kvadrat formalı tərəflərindən üçü daxildə yarımdairəvi formaya malikdir. Şərq-qərb oxu 10, şimal-qərb oxu isə 9.15 metr uzunluğa malikdir. Qərb divarı istisna olmaqla (burada hündür pəncərə yerləşir) xaçın digər üç qolunda giriş qapıları yerləşir. Düzbucaqlı formaya malik qapı yerləri anker daşlarla işlənməklə divarla eyni hündürlüyə malikdir və onun pyedestalının bir hissəsi kimi qəbul edilir. Bütün bina yonulmuş əhəng daşından hazırlanmış bir pilləkənli plint üzərində inşa edilmişdir. Xaçın günbəzini saxlayan dörd pilon divarlara birləşir. Onlar tağlarla birləşərək model zalın mərkəzi hissəsində günbəzaltı kvadrat formalaşdırır. Həmin kvadrat üzərində kirəmit damlı qübbə ucalır.

İşğal altında olduğu 1993-2020-ci illər boyu Beşikdağ monastırı erməni kilsəsi kimi təqdim olunmaqda idi.